围绕国家医药卫生事业改革发展需要，开展卫生体系相关理论方法与实证研究，包括卫生体系规划、卫生政策分析评价、公立医院改革、全球卫生、卫生体系绩效评价、基层卫生、妇幼保健、卫生经济、卫生信息管理等领域的研究，为政府有关部门提供卫生决策支持。

下设科室：卫生政策研究室、卫生体系规划研究室、卫生经济研究室、基层卫生与妇幼保健研究室、卫生信息管理研究室。

1、卫生政策研究室

重点开展卫生政策理论、卫生政策分析与评价、医药卫生体制改革、公立医院改革、分级诊疗、健康国家战略、健康医疗大数据与卫生决策支持等领域的研究。参与卫生政策咨询、医改调研和督导评估等工作，发挥决策支持作用。

2、卫生体系规划研究室

重点围绕卫生体系理论与政策、卫生资源配置与规划、卫生体系评估、全球卫生等领域深入开展理论和实践研究，参与医改政策评估、督导调研和决策咨询，开展卫生决策支持研究，建设卫生决策专题平台。

3、卫生经济研究室

重点开展国内外卫生经济理论与政策、健康治理、卫生绩效评价、药物经济学评价、卫生技术评估、疾病经济负担、健康保险政策、医院管理、国际卫生经济与政策等方面的研究。同时积极开展相关领域的跨学科、跨部门研究，参与相关领域国际合作研究。

4、基层卫生与妇幼保健研究室

重点开展基层卫生服务体系、全科医生制度、家庭医生签约服务、分级诊疗、医联体、医养结合服务体系与服务模式、妇幼健康干预与评价、妇幼健康服务体系、妇幼健康政策等领域研究。参与相关领域政策咨询、督导评估等工作，发挥决策支持作用。

5、卫生信息管理研究室

紧密围绕国家全民健康信息化建设需求，重点开展卫生信息管理、卫生决策支持、卫生信息化评价等领域研究，致力于卫生信息系统需求分析、区域卫生信息化顶层设计、数据分析利用以及卫生决策支持系统构建等方面工作，为全民健康科学决策提供支撑服务。