中华医学会第十二次全国医学信息学术会议于2006年9月17日至21日在宁夏银川召开，来自全国27个省、市、自治区的177名代表参加了会议。会议期间，中华医学会医学信息学分会召开了第三届委员会第四次全体委员会议，并在第四届委员会第一次全体委员会议上进行了换届选举。王汝宽教授连任第四届委员会主任委员，代涛所馆长当选为侯任主任委员。
所馆共12人参加了此次会议。王汝宽教授、代涛所馆长分别就“国家未来生命科学和医学发展战略和方向任务分析与思考”以及“我国医学信息事业的挑战、机遇及医学信息机构改革发展的思考”作专题报告；田玲教授等撰写的“人口与健康领域技术前瞻性研究结果分析”获得大会发言优秀论文奖。
本次会议以信息资源建设和开发利用及服务的新理论和新模式为主题，紧密结合国内外形势和我国中长期科技发展规划纲要，介绍了今后十五年生命科学和医学领域发展方向和主要任务，对医学情报事业的发展历程进行了系统回顾，对科技体制改革及当前国内外医学信息学方面的前沿、热点问题进行了研讨和交流。会议共有5个专题报告、32个大会发言及青年论坛学术报告，收录学术论文114篇。经专家委员会评议，会议共评选出大会发言优秀论文5篇，青年论坛优秀论文4篇。
